Kommerzijl is een dorp in de gemeente Zuidhorn in de provincie Groningen. Kommerzijl heeft 592 inwoners.
Ontstaan van Kommerzijl Kort voor 1600 zal Kommerzijl zijn ontstaan. De oudst bekende vermelding van Kommerzijl staat opgetekend in een afrekening uit 1602 van pachtrenten uit landerijen die de provincie van de opgeheven kloosters had overgenomen. Rentmeester Johan Lutma registreerde dat jaar betreffende bezittingen van het voormalig nonnenklooster te Kuzemer een jaarlijkse rent van 3 daalder, afkomstig van de Wybesmaheerd, gelegen bij “Kummerzijll”. Kommerzijl dat nog niet veel meer was dan een paar huizen bij een nieuwe sluis, was dus toen al onder die naam bekend. Als eigenaresse van de wybesmaheerd werd Ursula Canter genoemd, de rijke weduwe van Evert van Asschendorp. Zij had rond 1595 de Reitsemaborg te Grijpskerk gekocht.
Op de plek van Kommerzijl was rond 1572 een schans aangelegd, op verzoek van Wigbold van Ewsum, de borgheer van Nienoord te Leek. Hij had een jaar eerder een compagnie opgericht die in dit gebied, dat in open verbinding stond met de zee, met zoutwinning was begonnen. De Schans was nodig om het terrein van de compagnie te beschermen, vooral tegen de geuzen, die in 1572 Brielle hadden veroverd en vervolgens voortdurend invallen deden in deze kuststreken. Omdat bij de aanleg van de schans de dijk langs de uitwateringsriet werd verhoogd, kreeg de schans de naam “De Opslag”.
Door het verraad van de stadhouder Rennenberg in 1580 kwam de stad Groningen met de Ommelanden, Drenthe en grote delen van Overijssel en Lingen weer in katholieke, Spaanse handen. Friesland kwam met succes in opstand en werd geheel Staats en als gewest aan de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden toegevoegd. Door de geografische ligging kregen toen de Bomsterschans en de Opslachterschans een belangrijke strategische betekenis. De Bomsterschans werd een jaar later door de Staatse troepen veroverd en zou vervolgens jarenlang de enige plek in de Ommelanden blijven waar de Spanjaarden niks meer te vertellen hadden. De vlakbij gelegen Opslachterschans bleef echter voortdurend van bezetter wisselen. Pas in 1591 viel De Opslag definitief in Staatse handen. Toen in 1594 de stad Groningen door de stadhouders Maurits en Willem Lodewijk werd ingenomen, kon het gewest Stad en Lande eindelijk als laatste bij de Republiek worden gevoegd. De beide genoemden Schansen verloren hun militaire betekenis en werden grotendeels geslecht.
In 1658 kwam bij de plek waar een voormalige schans De Opslag had gelegen, een nieuwe dijk met een uitwateringssluis gereed, die de naam Opslagter- of Kommerzijl kreeg. Rondom die sluis ontstond vervolgens Kommerzijl. De naam Kommerzijl is afgeleid van de ligplaats voor de schepen bij de uitwateringssluis, die daar lagen te wachten tot de sluis bij eb open kon.Al gauw kreeg Kommerzijl een regiofunctie. Het nieuwe opgerichte waterschap de Kommerzijlvest ging in Kommerzijl vergaderen, evenals de grietman van de Drie Waarden, die hier in het rechthuis zijn rechtszittingen hield.
Wapen van Kommerzijl Kommerzijl is gelegen aan het Kommerzijlsterdiep, dat na Kommerzijl verder gaat als Kommerzijlsterriet en uitmondt in het Reitdiep. Vroeger heeft hier een schans gelegen, die in de 16e eeuw werd opgeworpen om het achterland te beschermen tegen vijandelijke troepen. De schans was vijf hoekig en had 5 bastions. Het woordje zijl in de naam geeft aan dat hier een uitwateringssluis lag. Echter niet alleen met deze functie, maar ook als schutsluis. Achter de dijk lag als het ware een kom, die met eb leeg stroomde en met vloed zich vulde met zeewater van de Lauwerszee. De schepen vonden hier een schuilplaats. Op de kaart is te zien, dat Kommerzijl in een trechter van dijken ligt en de Lauwerszee de buurman was, een gevaarlijke buurman.
Kommerzijl, dat na afbraak van de schans hier in de 17e eeuw ontstond is genoemd naar de kom, waar de schepen lagen, als was het een veilige haven, en naar de zijl die men daar bouwde. De schans en de zijl hebben een plaats gekregen in het ontworpen wapen.
Kommerzijl lag tot 1990 in twee verschillende gemeentes. De Kommerzijlsterriet was de grens tussen de voormalige gemeente Oldehove en de voormalige gemeente Grijpskerk.